El conjunto de monasterios de Nea Moni de Quíos es Patrimonio de la Humanidad y está protegido por la UNESCO desde 1990, principalmente a causa de los mosaicos que se encuentran en el mismo. Es el monumento más importante de la Edad Media en la isla.

Fundada a mediados del siglo XI por una donación imperial. Zoe y Teodora, hijas del emperador bizantino Constantino VII, sobrinas de Basilio II el bulgaroktonou y el emperador Constantino VII el Gladiador, tercer esposo de Zoe, fueron los patrocinadores en la construcción del monasterio.

La fundación del monasterio está asociada a la tradición monástica, según la cual en el lugar donde fue construida la iglesia, tres monjes ascetas de Quíos habían encontrado una imagen milagrosa de la Virgen María colgando de la rama de un mirto. Los ascetas, Nikitas, Ioannis y Iosif profetizaron que, Constantinos el Gladiador, en aquel entonces en el exilio en Lesbos, subiría al trono imperial de Costantinopla y a cambio de su profecía consiguieron del futuro emperador la promesa de generosas donaciones para la construcción de una iglesia en donde estaba el mirto . Después de la ascensión al trono de Gladiador, éste cumplio su promesa y entonces se reconstruyó la iglesia que a continuación fue decorada con mosaicos. En 1049 tuvo lugar la inauguración de la iglesia y la obra fue terminada después de la muerte de Gladiador en 1055, durante el reinado de Teodora (1055-1056).

El Gladiador dotó al monasterio con rentas especiales, fincas, con el derecho de tener un barco y lo favoreció con el establecimiento de exenciones fiscales y el derecho a ser autónomo e independiente. Estos privilegios fueron confirmados y multiplicados por los emperadores posteriores, por lo que el Monasterio Nea Moní fue uno de los monasterios más famosos y ricos en el Egeo hasta los años de la revolución griega, cuando entró en decadencia.

Durante el período de casi 1000 años de existencia, el monasterio pasó muchas veces por varios desastres. Los peores de todos sucedieron en el siglo XIX, primero en 1822 con el incendio y saqueo del monasterio por los otomanos y luego en 1881, cuando un fuerte terremoto destruyó edificios del complejo.

Del grupo original del siglo XI se han conservado la iglesia, el tanque, la torre, parte del altar y del templo de San Lucas en el cementerio del monasterio, fuera del muro.

La iglesia está dedicada a la Virgen María y celebra su fiesta el 23 de agosto. Consiste en un templo principal, con nártex interior y exonártex, construido en el siglo XI. En la nave central y en el nártex interior se conserva una pequeña parte de las losas de mármol que cubrían las partes verticales de las paredes y casi toda la decoración de mosaico del siglo XI, excepto la cúpula y el hueco oriental.

En la nave principal, la representación de mosaico mejor conservada es el bautismo, que, junto con la Crucifixión y la Resurrección representan una obra maestra en tríptico.

Hoy en día funciona como un convento de mujeres.