Στο τρίτο κατά σειρά νησί των Πριγκιπονήσων, στη Χάλκη της Κωνσταντινούπολης, βρίσκεται η Ιερά Πατριαρχική και Σταυροπηγιακή Μονή της Αγίας Τριάδος, η οποία ιδρύθηκε τον 9ο αιώνα από τον Πατριάρχη Μέγα Φώτιο (Εορτή 6 Φεβρουαρίου) και έχει συνδέσει άρρηκτα το όνομα της, με την επιστήμη της θεολογίας.
Η Ιερά Θεολογική Σχολή της Χάλκης πριν κλειστεί από τις τούρκικες αρχές το 1971 ήταν η κύρια θεολογική σχολή του Οικουμενικού Πατριαρχείου της Κωνσταντινούπολης. Η σχολή στεγαζόταν στη μονή της Αγίας Τριάδος.
Το 1844, ο Πατριάρχης Γερμανός Δ΄ δημιούργησε στις εγκαταστάσεις της μονής την Θεολογική Σχολή, η οποία εγκαινιάστηκε στις 23 Σεπτεμβρίου 1844. Όλα τα κτήρια εκτός από ένα παρεκκλήσι καταστράφηκαν σε έναν σεισμό τον Ιούνιο του 1894, αλλά επισκευάστηκαν από τον αρχιτέκτονα Περικλή Φωτιάδη και η σχολή εγκαινιάστηκε πάλι τον Οκτώβριο του 1896. Σημαντική ανακαίνιση έγινε επίσης στη δεκαετία του ’50.
Πολλοί Ορθόδοξοι θεολόγοι, ιερείς, επίσκοποι και πατριάρχες φοίτησαν στη Χάλκη, συμπεριλαμβανομένου και του Πατριάρχη Βαρθολομαίου. Οι φοιτητές στη Χάλκη περιλάμβαναν όχι μόνο γηγενείς Έλληνες, αλλά και Ορθόδοξους Χριστιανούς από όλο τον κόσμο, προσδίδοντας στη σχολή έναν διεθνή χαρακτήρα με εξαιρετική ποιότητα σπουδών.
Οι θεολογικές εγκαταστάσεις περιλαμβάνουν το Παρεκκλήσι της Αγίας Τριάδας, κοιτώνες, αναρρωτήριο, γραφεία, και την σχολική βιβλιοθήκη, η οποία κατέχει σημαντική ιστορική συλλογή βιβλίων, περιοδικών και χειρογράφων. Επίσης, πολλοί πατριάρχες, επίσκοποι και πρώην δάσκαλοι έχουν ταφεί σε ειδική περιοχή του κήπου.
Το 1971 η Σχολή έκλεισε εξαιτίας ενός τουρκικού νόμου που απαγόρευε τη λειτουργία ιδιωτικών πανεπιστημίων. Το 1998 η επιτροπή ιδιοκτητών της σχολής διατάχθηκε να διαλυθεί, αλλά διεθνής κριτική έπεισε την Άγκυρα να ακυρώσει τη διαταγή. Τα τελευταία χρόνια, υπό την πίεση και της διεθνούς κοινότητας, γίνεται προσπάθεια να πεισθεί η τουρκική ηγεσία και να βρεθεί η νομική φόρμουλα, για να επαναλειτουργήσει η Σχολή, κάτι που επιθυμεί διακαώς το Πατριαρχείο. Συγκεκριμένα, οι εγκαταστάσεις είναι έτοιμες για να δεχθούν και πάλι σπουδαστές.
Το μοναστήρι
Στις αρχές του 9ου αιώνα αναφέρεται η ύπαρξη της μονής των Δεσποτών στο νησί της Χάλκης, στην οποία είχε εκτοπιστεί ο Θεόδωρος Στουδίτης. Η μονή αυτή θεωρείται πως ταυτίζεται με τη μετέπειτα μονή της Αγίας Τριάδας. Κάποιοι την αναφέρουν ως μονή του Εσώπτρου. Το 1844 στην ανακαίνιση της μονής βρέθηκαν πλήθος αρχαιοτήτων και ένα επιτύμβιο γλυπτό, τα οποία θεωρήθηκε ότι ανήκαν σε αρχαίο ναό του Απόλλωνα.
Το 860 η μονή λεηλατήθηκε από τους Ρως και ερειπώθηκε. Η παράδοση συνδέει την ανακαίνισή της με τον πατριάρχη Φώτιο. Εξόριστη στη μονή παρέμεινε και η αυτοκράτειρα Θεοδοσία, σύζυγος του αυτοκράτορα Λέοντος Ε΄ Αρμένιου. Από το βυζαντινό παρελθόν της υπάρχει άλλη μια πληροφορία που φέρει τη βασίλισσα Αικατερίνη Κομνηνή να έχει μονάσει εδώ στα 1063, λαβούσα το όνομα «μοναχή Ξένη».
Όμως, η σπουδαιότητα της Ιεράς Πατριαρχικής και Σταυροπηγιακής Μονής της Αγίας Τριάδας συνίσταται στην ίδρυση εδώ το 1844 της ονομαστής Ιεράς Θεολογικής Σχολής της Χάλκης από τον πατριάρχη Γερμανό Δ΄. Για 150 χρόνια η Θεολογική Σχολή υπήρξε το φυτώριο θεολόγων και ιεραρχών της Ορθόδοξης Εκκλησίας.
Σήμερα το μοναστήρι της Αγίας Τριάδος λειτουργεί κανονικά, επανδρωμένη με τέσσερις μοναχούς. Ηγούμενο έχει τον Μητροπολίτη Προύσης (του Οικουμενικού Πατριαρχείου) Σεβασμιότατο κ. Ελπιδοφόρο (τον Μάιο του 2019 εκλέγει Αρχιεπίσκοπος Αμερικής).
Στο Καθολικό της μονής ξεχωρίζει η θαυματουργή εικόνα της Παναγίας Παυσολύπης.